Исследование вирусного метагенома каспийских тюленей
© 2024. Кобей Карамендин (1), * Саймон Дж. Гудман (2), Ермухаммет Касымбеков (1), Марат Кумар (1), Сардор Нуралибеков (1), Айдын Кыдырманов (1). *
(1) Лаборатория экологии вирусов, Научно-производственный центр микробиологии и вирусологии, Отдел вирусологии, Алматы, Казахстан.
(2) School of Biology, Faculty of Biological Sciences, University of Leeds, Лидс, Великобритания.
*E-mails: Кобей Карамендин (kobey.karamendin@gmail.com); Айдын Кыдырманов (aidyn.kydyrmanov@gmai.com).
Исследование вирусного метагенома каспийских тюленей
Аннотация
Введение. Вирусные заболевания вызывают значительную смертность и заболеваемость у ластоногих и могут влиять на численность популяции. Поэтому вирусные метагеномные исследования могут играть важную роль в оценке здоровья ластоногих и контроле за их болезнями, как в отношении отдельных видов, так и в контексте «Единого здоровья» («Единое здоровье» — это многосекторальный и трансдисциплинарный подход с целью достижения оптимальных результатов в области здравоохранения, признающий взаимосвязь между людьми, животными, растениями и их общей средой обитания – прим. Каспики).
Методы. В этом исследовании использовался метагеномный подход с применением высокопроизводительного секвенирования для оценки вирусного разнообразия у каспийского тюленя (Pusa caspica), единственного вида морского млекопитающего, эндемичного для Каспия.
Результаты. Были проанализированы данные секвенирования биологических образцов, отобранных от 35 тюленей в 2009–2020 гг. Обнаружены последовательности из вирусных семейств Circoviridae, Parvoviridae, Herpesviridae, Papillomaviridae, Picornaviridae, Caliciviridae, Cruciviridae, Anelloviridae, Smacoviridae и Orthomyxoviridae, с дополнительным выявлением Adenoviridae с помощью ПЦР. Сходство вирусных контигов от каспийского тюленя с таковыми, полученными от других ластоногих, варьировалось от 63,74 % (калицивирус морского льва Сан-Мигель) до 78,79 % (анелловирус тюленя 4).
Обсуждение. Некоторые выявленные вирусы представляют собой потенциально новые виды, но в целом вирусный репертуар каспийских тюленей похож на доступные виромы от других ластоногих. Среди обнаруженных последовательностей выявлены контиги вируса гриппа B, что говорит о втором случае идентификации его у морских млекопитающих. Эта работа закладывает основу для дальнейших исследований вирусных сообществ у каспийских тюленей, разнообразия виромов у ластоногих в целом, а также предоставляет данные, необходимые для оценки риска заболеваний у морских млекопитающих.
Подробнее на сайте Frontiers.
Для цитирования: Karamendin K., Goodman S.J., Kasymbekov Y., Kuma M., Nuralibekov S., Kydyrmanov A. (2024) Viral metagenomic survey of Caspian seals. Front. Vet. Sci. 11:1461135. doi: 10.3389/fvets.2024.1461135.
Материал для публикации на сайте Агентства по спасению каспийских тюленей «Каспика» предоставлен Кобеем Омертаевичем Карамендином, кандидатом ветеринарных наук, ведущим научным сотрудником Лаборатории экологии вирусов Отдела вирусологии Научно-производственного центра микробиологии и вирусологии, Алматы, Казахстан.
Фотографии Анатолия Устиненко из статьи «Нерпы на Каспии».
